日本では1990年代から環境共生の理念のもとで、環境改善の意味合いでビオトープの名を冠した事業が行われるようになってきました。
自然生態系全体を維持する必要が次第に認識されてきたのである。ただしドイツで生まれた概念であるビオトープをいつだれが日本にもたらしたのかはよくわかっていない。
平成元年度からの旧建設省の多自然型川づくりの推進や河川法の改正により、自然保護や教育の観点からもビオトープという考え方は一般に浸透していくことに成ります。
一般家庭では、園芸店などでビオトープセットと称して単なる水草栽培セットを庭などに設置したり、学校ではメダカなどを浅い池に入れて「田んぼビオトープ」と言って教育に使ったりしているところも出てきました。
現実的には「ビオトープ」と称するには少々無理があるのだが、自然生態系の観察モデルとして自然環境の成り立ちとそのシステムを学ばせるための学校教育として増えてきています。